Depuis l'aube de la civilisation, les Incubateurs, étranges familiers venus d'ailleurs, vivent aux côtés des êtres humains et tout particulièrement aux côtés des jeunes filles. Les unes après les autres, et sur plusieurs générations, des adolescentes furent séduites par les Incubateurs, qui leur proposaient d'exaucer absolument n'importe quel voeu en échange d'un service : Devenir une Puella Magi et combattre des Sorcières, créatures maléfiques tuant et dévorant impunéments les humains (Quand elles ne se contentaient pas de les pousser au meurtre ou au suicide).
Ils omettaient simplement de dire que cela revenait à se condamner à mort, après un court sursis de vie qui n'était plus que combats, dangers et souffrances. En effet toute fille concluant un pacte avec un de ces animaux extraterrestres tombait sous le coup d'une malédiction fatidique qui la transformerait un jour en sorcière, ce qui était irréversible. La seule et unique manière connue d'y échapper était la mort.
Bien sur, elles arrivaient à retarder l'échéance, en collectant des Grief seed, sortes d'oeufs de sorcières qui leurs permettaient de recharger leurs pouvoirs, mais elles finissaient toujours pas succomber et par basculer du côté sombre... Finissant par répandre désolations et pleurs, agressant à leur tour les jeunes Puella enrôlées.
A certaines d'entre elles il fut révélé la raison derrière cette tuerie organisée. Les Incubateurs se voulaient en quelque sortes les protecteurs de l'Univers, qui était, selon leurs prédictions, condamné à disparaître. En effet, il subit les effets de l'entropie, se traduisant par une perte constante d'énergie. (Exemple : La quantité d'énergie créée par un feu de joie est inférieur à la quantité d'énergie qu'il a fallu employer pour faire pousser l'arbre.) Cette entropie finirait par conduire à la destruction de l'Univers entier. C'est afin d'éviter ce terrible sort que les Incubateurs trouvèrent un moyen de convertir les sentiments en énergie, via la création de Puellae, car les jeunes filles étaient celles qui avaient les meilleurs capacités de production de sentiments, et donc d'énergie une fois transformées en sorcières.
D'après eux, leur cause était juste, et profitable à tous. Ils ne comprenaient pas la réaction des humains qui pleuraient la mort d'un individu quand il y en avait des milliards d'autres pour le remplacer. Les Incubateurs avaient pour la plupart perdu depuis longtemps la capacité d'éprouver des sentiments, et ceux chez qui cette capacité demeurait étaient considérés comme des malades mentaux et mis à l'écart.
Malheureusement, à force de côtoyer des humains au potentiel émotionnel très élevé, plusieurs Incubateurs furent contaminés et se mirent à éprouver tour à tour compassion, tristesse et joie. Rapatriés, ces "brebis galeuses" furent à l'origine d'une étrange et non moins terrible "épidémie de sentiments". Troublés par leurs nouvelles sensations, de très nombreux Incubateurs devinrent incapables d'accomplir leur mission correctement. Il fallut donc trouver un remède. La solution se présenta par hasard lorsqu'un Incubateur infecté, ayant échappé par miracle au rapatriement, conclut un Pacte avec un jeune garçon. Lorsque celui-ci vida sa Soul Gem et devint pret à se transformer, il devint non pas une Sorcière mais une créature différente, quoiqu'ayant des similitudes. L'énergie que se dégagea de cette transformation eut un effet tout bonnement ridicule sur l'entropie comparé aux Puellae se transformant en Sorcières. Toutefois quelque chose d'autre se produisit, un autre type d'énergie se dégagea